Secondo alcune realtà sanitarie e organizzazioni impegnate nel soccorso in mare, il protocollo Italia Albania viola i diritti umani e il codice di deontologia medica. A bordo delle motovedette italiane infatti, non ci sono le condizioni per poter effettuare una valutazione adeguata dello stato di salute delle persone, che in molti casi hanno subito violenze o traumi.